“งานส่งเสริมการวิจัย” เดิมเป็นหน่วยงานสังกัดกองบริการการศึกษาภายใต้การกำกับดูแลของ รองอธิการบดีฝ่ายวิจัยและประกันคุณภาพการศึกษา โดยมีคณะกรรมการส่งเสริมงานวิจัยของมหาวิทยาลัยเป็น ที่ปรึกษา มีพันธกิจในการสนับสนุน ส่งเสริมงานวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี โดยในปี พ.ศ. 2544 สภาสถาบันเห็นชอบให้บรรจุ “สำนักวิจัยและพัฒนา” ในแผนพัฒนาการศึกษาระดับอุดมศึกษา ฉบับที่ 9 (พ.ศ. 2545 - 2549) ของมหาวิทยาลัย
ในคราวประชุมคณะกรรมการบริหาร สถาบันเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ ครั้งที่ 19/2545 เมื่อวันที่ 21 ตุลาคม พ.ศ. 2545 ได้พิจารณาและมีมติเห็นชอบในหลักการที่ขอหารือเปลี่ยนชื่อโครงการจาก “สำนักวิจัยและพัฒนา” เป็น “สำนักวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี” เพื่อความเป็นสากล โดยครอบคลุมภารกิจหลักด้านการวิจัย การส่งเสริมการวิจัยตามเอกลักษณ์และความเชี่ยวชาญของมหาวิทยาลัย แต่เนื่องจากในขณะนั้นงานส่งเสริมการวิจัยเป็นหน่วยงานหลักที่ดำเนินภารกิจทางด้านการวิจัยมีทรัพยากรการบริหารค่อนข้างจำกัด ในเบื้องต้นรองอธิการบดีฝ่ายวิจัยและประกันคุณภาพการศึกษา มีความเห็นว่าควรดำเนินงานแบบค่อยเป็นค่อยไป เพื่อไม่ให้เกิดปัญหาด้านงบประมาณและอัตรากำลังคน จึงเสนอขอจัดตั้งเป็น ศูนย์วิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีมีสถานภาพเป็นหน่วยงานระดับกองภายใต้สำนักงานอธิการบดี หากในอนาคตมีขอบข่ายภารกิจปริมาณงานมากขึ้น มีทรัพยากรทางการบริหารมากขึ้น จึงจะดำเนินการยกฐานะขึ้นเป็นหน่วยงานระดับสำนักต่อไป และเมื่อวันที่ 11 ธันวาคม พ.ศ. 2545 สภาสถาบันมีมติให้ประกาศจัดตั้ง “ศูนย์วิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี” เป็นหน่วยงานระดับกอง สังกัดสำนักงานอธิการบดี
สืบเนื่องจากศูนย์วิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ทำหน้าที่เป็นศูนย์กลางประสานงานวิจัยทั้งภายในและภายนอกมหาวิทยาลัย มีภารกิจมากขึ้นทั้งด้านการสนับสนุน ส่งเสริมและเผยแพร่งานวิจัยของมหาวิทยาลัยรวมทั้งการจัดการด้านทรัพย์สินทางปัญญา การนำผลงานวิจัยไปใช้ประโยชน์เชิงพาณิชย์ ดังนั้นเพื่อให้เกิดความคล่องตัวในการบริหารจัดการและรองรับการขยายตัวงานวิจัยของมหาวิทยาลัย เมื่อวันที่ 21 พฤศจิกายน พ.ศ. 2550 สภามหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ จึงมีมติให้จัดตั้งเป็น “สำนักวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี” เพื่อรับผิดชอบการบริหารและกำหนดนโยบายการวิจัย ตลอดจนเป็นศูนย์รวมกิจกรรมวิจัยของมหาวิทยาลัย
ปัจจุบันสำนักวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีบริหารงานภายใต้การกำกับดูแลของ ศาสตราจารย์ ดร.สมฤกษ์ จันทรอัมพร รองอธิการบดีฝ่ายวิจัยและพัฒนาเทคโนโลยีสารสนเทศ และมีคณะกรรมการหลักจำนวน 2 ชุด ดังนี้
1. คณะกรรมการนโยบายสำนักวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี
2. คณะกรรมการประจำสำนักวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี
นอกจากนั้นยังมีคณะกรรมการที่ดำเนินงานเฉพาะกิจด้านการส่งเสริมสนับสนุนพันธกิจการวิจัย เช่น คณะกรรมการบริหารห้องปฏิบัติการกลาง มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ คณะกรรมการดำเนินโครงการสิ่งประดิษฐ์และนวัตกรรมพระจอมเกล้าพระนครเหนือ คณะกรรมการบริหารจัดการผลประโยชน์อันเกิดจากทรัพย์สินทางปัญญา คณะกรรมการพิจารณาโครงการ สำนักวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี คณะกรรมการบริหารกองทุน 60 ปี มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ คณะทำงานจัดประชุมวิชาการระดับนานาชาติ มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ (RI2C) เป็นต้น กอรปกับนโยบายของมหาวิทยาลัยที่ต้องการให้สำนักวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี เป็นหน่วยงานในการขับเคลื่อนนโยบายและยุทธศาสตร์ด้านงานวิจัยของมหาวิทยาลัย มีเป้าประสงค์เพื่อผลักดันและพัฒนามหาวิทยาลัยสู่ความเป็นเลิศ ด้านงานวิจัย มุ่งสู่การเป็นมหาวิทยาลัยชั้นนำ เพื่อเข้าสู่การจัดลำดับมหาวิทยาลัยโลกคณะกรรมการบริหารสำนักวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ในการประชุมครั้งที่ 4/2556 เมื่อวันที่ 18 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2556 และครั้งที่ 5/2556 เมื่อวันที่ 22 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2556 คณะกรรมการประจำสำนักวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ในการประชุมครั้งที่ 1/2556 เมื่อวันที่ 27 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2556 เห็นชอบในหลักการให้ปรับเปลี่ยนการแบ่งหน่วยงานภายในใหม่ให้สอดคล้องกับตำแหน่งของผู้บริหารของสำนักวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีและภารกิจที่ได้รับมอบหมาย เพื่อความมีประสิทธิภาพในการบริหารงานเพิ่มขึ้น โดยมีการแบ่งหน่วยงานภายในดังนี้
1. สำนักงานผู้อำนวยการ
1.1 งานบุคคลและบริหาร
1.2 งานคลังและพัสดุ
1.3 งานอาคารสถานที่และยานพาหนะ
1.4 งานนโยบายและแผน/ประกันคุณภาพภายใน
2. ฝ่ายส่งเสริมการวิจัยและประเมินผล
2.1 งานทุนและประเมินผลงานวิจัย
2.2 งานสนับสนุนจัดหาแหล่งทุน
3. ฝ่ายสารสนเทศและเผยแพร่งานวิจัย
3.1 งานสารสนเทศงานวิจัย
3.2 งานเผยแพร่และประชาสัมพันธ์
4. ศูนย์วิจัยพัฒนาและส่งเสริมการศึกษา
4.1 ศูนย์วิจัยพัฒนาและส่งเสริมการศึกษาด้านเทคโนโลยีอุตสาหกรรม
4.2 ศูนย์เครื่องมือกลางเพื่อการวิจัยแบบสหวิทยาการ
5. ศูนย์วิจัยเฉพาะทาง
งานทุนและประเมินผลงานศูนย์วิจัยเฉพาะทาง
6. ศูนย์บริหารจัดการทรัพย์สินทางปัญญา
งานบริหารทรัพย์สินทางปัญญา
7. ศูนย์บ่มเพาะวิสาหกิจ
งานบริหารศูนย์บ่มเพาะวิสาหกิจ
และต่อมาที่ประชุมคณะกรรมการบริหารสำนักวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ครั้งที่ 16/2556 เมื่อวันที่ 6 พฤศจิกายน พ.ศ. 2556 พิจารณา (ร่าง) แผนผังบุคลากรตามโครงสร้างสำนักวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี (ใหม่) และมีมติเห็นชอบต่อแผนผังบุคลากรดังกล่าว เพื่อความรอบคอบในการประกาศใช้ จึงนำเสนอที่ประชุมคณะกรรมการประจำสำนักวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ครั้งที่ 1/2560 เมื่อวันที่ 31 มกราคม พ.ศ. 2560 มีมติเห็นชอบในหลักการให้ปรับเปลี่ยนการแบ่งหน่วยงานภายในสำนักสำนักวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ให้สอดคล้องกับบทบาท พันธกิจ และภารกิจของสำนักวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ที่ได้รับมอบหมายและความมีประสิทธิภาพในการบริหารงานเพิ่มขึ้น ทั้งนี้ มีการดำเนินการปรับโครงการบริหารงานเพื่อรองรับการนโยบายการบริหารงานของผู้บริหารและบริบทที่เปลี่ยนแปลงตามความเห็นชอบของคณะกรรมการประจำสำนักวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ในการประชุมครั้งที่ 6/2563 เมื่อวันที่ 17 มิถุนายน พ.ศ. 2563 ครั้งที่ 9/2563 เมื่อวันที่ 16 กันยายน พ.ศ. 2563 ครั้งที่ 1/2564 เมื่อวันที่ 20 มกราคม พ.ศ. 2564 และคณะกรรมการนโยบายสำนักวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ในการประชุมครั้งที่ 1/2564 เมื่อวันที่ 30 มีนาคม พ.ศ. 2564 อย่างไรก็ตาม เพื่อให้การดำเนินงานของสำนักวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี มีความคล่องตัวในการปฏิบัติงาน และประสิทธิภาพการดำเนินงาน จึงมีการพิจารณาทบทวนการปรับโครงการสร้างอีกครั้งตามมติคณะกรรมการประจำสำนักวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ในการประชุมครั้งที่ 1/2566 เมื่อวันที่ 11 มกราคม พ.ศ. 2566 โดยมีการแบ่งหน่วยงานภายในสำนักวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ดังนี้
1. สำนักงานผู้อำนวยการ
1.1 งานทรัพยากรบุคคลและบริหารสำนักงาน
1.2 งานคลัง
1.3 งานพัสดุ
2. ฝ่ายส่งเสริมการวิจัย
2.1 งานส่งเสริมการวิจัย
2.2 งานทรัพย์สินทางปัญญา
3. ฝ่ายวิศวกรรมและระบบสนับสนุน
3.1 งานศูนย์เครื่องมือกลาง
3.2 งานอาคารสถานที่และระบบสนับสนุน
4. ฝ่ายพัฒนาเครือข่ายความร่วมมือ
4.1 งานพัฒนาศูนย์ความเป็นเลิศ
4.2 งานประชาสัมพันธ์และพัฒนาเครือข่าย
5. หน่วยเสริมสร้างผู้ประกอบการใหม่