“งานส่งเสริมการวิจัย” เดิมเป็นหน่วยงานสังกัดกองบริการการศึกษาภายใต้การกำกับดูแลของรองอธิการบดีฝ่ายวิจัยและประกันคุณภาพการศึกษา โดยมีคณะกรรมการส่งเสริมงานวิจัยของมหาวิทยาลัยเป็นที่ปรึกษา มีพันธกิจในการสนับสนุน ส่งเสริมงานวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี โดยในปี พ.ศ. 2544 สภาสถาบันเห็นชอบให้บรรจุ “สำนักวิจัยและพัฒนา” ในแผนพัฒนาการศึกษาระดับอุดมศึกษา ฉบับที่ 9 (พ.ศ. 2545 - 2549) ของมหาวิทยาลัย
ในคราวประชุมคณะกรรมการบริหาร สถาบันเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ ครั้งที่ 19/2545 เมื่อวันที่ 21 ตุลาคม พ.ศ. 2545 ได้พิจารณาและมีมติเห็นชอบในหลักการที่ขอหารือเปลี่ยนชื่อโครงการจาก “สำนักวิจัยและพัฒนา” เป็น “สำนักวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี” เพื่อความเป็นสากล โดยครอบคลุมภารกิจหลักด้านการวิจัย การส่งเสริมการวิจัยตามเอกลักษณ์และความเชี่ยวชาญของมหาวิทยาลัยแต่เนื่องจากในขณะนั้นงานส่งเสริมการวิจัยเป็นหน่วยงานหลักที่ดำเนินภารกิจทางด้านการวิจัยมีทรัพยากรการบริหารค่อนข้างจำกัด ในเบื้องต้นรองอธิการบดีฝ่ายวิจัยและประกันคุณภาพการศึกษา มีความเห็นว่าควรดำเนินงานแบบค่อยเป็นค่อยไป เพื่อไม่ให้เกิดปัญหาด้านงบประมาณและอัตรากำลังคน จึงเสนอขอจัดตั้งเป็น ศูนย์วิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีมีสถานภาพเป็นหน่วยงานระดับกองภายใต้สำนักงานอธิการบดีไปก่อน หากในอนาคตมีขอบข่ายภารกิจปริมาณงานมากขึ้น มีทรัพยากรทางการบริหารมากขึ้น จึงจะดำเนินการยกฐานะขึ้นเป็นหน่วยงานระดับสำนักต่อไป และเมื่อวันที่ 11 ธันวาคม พ.ศ. 2545 สภาสถาบันมีมติให้ประกาศจัดตั้ง “ศูนย์วิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี” เป็นหน่วยงานระดับกอง สังกัดสำนักงานอธิการบดี
สืบเนื่องจากศูนย์วิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ทำหน้าที่เป็นศูนย์กลางประสานงานวิจัยทั้งภายในและภายนอกมหาวิทยาลัย มีภารกิจมากขึ้นทั้งด้านการสนับสนุน ส่งเสริมและเผยแพร่งานวิจัยของมหาวิทยาลัยรวมทั้งการจัดการด้านทรัพย์สินทางปัญญา การนำผลงานวิจัยไปใช้เชิงพาณิชย์ ดังนั้นเพื่อให้เกิดความคล่องตัวในการบริหารจัดการและรองรับการขยายตัวงานวิจัยของมหาวิทยาลัย เมื่อวันที่ 21 พฤศจิกายน พ.ศ. 2550 สภามหาวิทยาลัยจึงมีมติให้จัดตั้งเป็น “สำนักวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี” เพื่อรับผิดชอบการบริหารและกำหนดนโยบายการวิจัย ตลอดจนเป็นศูนย์รวมกิจกรรมวิจัยของมหาวิทยาลัย
สำนักวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีบริหารงานภายใต้การกำกับดูแลของ รองอธิการบดีฝ่ายวิจัยและพัฒนาเทคโนโลยีสารสนเทศ และมีคณะกรรมการหลัก 2 ชุด ดังนี้
1. คณะกรรมการนโยบายสำนักวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี
2. คณะกรรมการประจำสำนักวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี
และมีคณะกรรมการที่ดำเนินงานเฉพาะกิจ เช่น
คณะกรรมการขับเคลื่อนงานวิจัยและนวัตกรรม มจพ. คณะกรรมการดำเนินโครงการสิ่งประดิษฐ์และนวัตกรรม มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ คณะกรรมการบริหารจัดการทรัพย์สินทางปัญญา คณะอนุกรรมการประกันคุณภาพภายใน สำนักวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี เป็นต้น
กอรปกับนโยบายของมหาวิทยาลัยที่ต้องการให้สำนักวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี เป็นหน่วยงานในการขับเคลื่อนนโยบายและยุทธศาสตร์ด้านงานวิจัยของมหาวิทยาลัย มีเป้าประสงค์เพื่อผลักดันและพัฒนามหาวิทยาลัยสู่ความเป็นเลิศด้านงานวิจัย มุ่งสู่การเป็นมหาวิทยาลัยชั้นนำ เพื่อเข้าสู่การจัดลำดับมหาวิทยาลัยโลกคณะกรรมการบริหารสำนักวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ในการประชุมครั้งที่ 4/2556 เมื่อวันที่ 18 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2556 และครั้งที่ 5/2556 เมื่อวันที่ 22 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2556 คณะกรรมการประจำสำนักวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ในการประชุมครั้งที่ 1/2556 เมื่อวันที่ 27 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2556 เห็นชอบในหลักการให้ปรับเปลี่ยนการแบ่งหน่วยงานภายในใหม่ให้สอดคล้องกับตำแหน่งของผู้บริหารของสำนักวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีและภารกิจที่ได้รับมอบหมาย เพื่อความมีประสิทธิภาพในการบริหารงานเพิ่มขึ้น โดยมีการแบ่งหน่วยงานภายในดังนี้
1. สำนักงานผู้อำนวยการ
1.1 งานบุคคลและบริหาร
1.2 งานคลังและพัสดุ
1.3 งานอาคารสถานที่และยานพาหนะ
1.4 งานนโยบายและแผน/ประกันคุณภาพภายใน
2. ฝ่ายส่งเสริมการวิจัยและประเมินผล
2.1 งานทุนและประเมินผลงานวิจัย
2.2 งานสนับสนุนจัดหาแหล่งทุน
3. ฝ่ายสารสนเทศและเผยแพร่งานวิจัย
3.1 งานสารสนเทศงานวิจัย
3.2 งานเผยแพร่และประชาสัมพันธ์
4. ศูนย์วิจัยพัฒนาและส่งเสริมการศึกษา
4.1 ศูนย์วิจัยพัฒนาและส่งเสริมการศึกษาด้านเทคโนโลยีอุตสาหกรรม
4.2 ศูนย์เครื่องมือกลางเพื่อการวิจัยแบบสหวิทยาการ
5. ศูนย์วิจัยเฉพาะทาง
5.1 งานทุนและประเมินผลงานศูนย์วิจัยเฉพาะทาง
6. ศูนย์บริหารจัดการทรัพย์สินทางปัญญา
6.1 งานบริหารทรัพย์สินทางปัญญา
7. ศูนย์บ่มเพาะวิสาหกิจ
7.1 งานบริหารศูนย์บ่มเพาะวิสาหกิจ
และต่อมาที่ประชุมคณะกรรมการบริหารสำนักวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ครั้งที่ 16/2556 เมื่อวันที่ 6 พฤศจิกายน พ.ศ. 2556 พิจารณา (ร่าง) แผนผังบุคลากรตามโครงสร้างสำนักวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี (ใหม่) และมีมติเห็นชอบต่อแผนผังบุคลากรดังกล่าว เพื่อความรอบคอบในการประกาศใช้ จึงนำเสนอที่ประชุมคณะกรรมการประจำสำนักวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ครั้งที่ 1/2560 เมื่อวันที่ 31 มกราคม พ.ศ. 2560 มีมติเห็นชอบในหลักการให้ปรับเปลี่ยนการแบ่งหน่วยงานภายในสำนักสำนักวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ให้สอดคล้องกับบทบาทและพันธกิจของสำนักวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี และภารกิจที่ได้รับมอบหมาย และความมีประสิทธิภาพในการบริหารงานเพิ่มขึ้น โดยมีการแบ่งหน่วยงานภายในสำนักวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ดังนี้
1. สำนักงานผู้อำนวยการ
1.1 งานบริหารและธุรการ
1.2 งานคลังและพัสดุ
1.3 งานแผนและประกันคุณภาพภายใน
1.4 งานอาคารสถานที่ และยานพาหนะ
2. ฝ่ายบริหารงานวิจัย
2.1 งานบริหารงานวิจัย
2.2 งานประสานงานวิจัย
3. ฝ่ายสารสนเทศและเผยแพร่งานวิจัย
3.1 งานระบบสารสนเทศเพื่อบริหารงานวิจัย
3.2 งานเผยแพร่งานวิจัย
4. ฝ่ายวิจัยเฉพาะทางและอุตสาหกรรมสัมพันธ์
4.1 งานทุนและประเมินผลงานศูนย์วิจัยเฉพาะทาง
4.2 ศูนย์วิจัยพัฒนาและส่งเสริมการศึกษาด้านเทคโนโลยีอุตสาหกรรม
4.3 ศูนย์เครื่องมือกลางเพื่อการวิจัยแบบสหวิทยาการ
5. ฝ่ายบริหารจัดการทรัพย์สินทางปัญญาและบ่มเพาะวิสาหกิจ
5.1 งานบริหารทรัพย์สินทางปัญญา
5.2 งานบริหารศูนย์บ่มเพาะวิสาหกิจ